Смотрим волка-ликантропа из того же СРД. Человек-варриор, два хитдайса животного.
Str 13, Dex 11, Con 12, Int 10, Wis 11, Cha 8
Его скилы:  Handle Animal (Cha-1) +1, Hide (Dex +0) +1, Listen (Wis +0) +1, Move Silently (Dex+0) +2, Spot (Wis+0) +1, Survival (Wis+0) +2

Классовые скилы волка:  Hide +2, Listen +3, Move Silently +3, Spot +3, Survival +1
The warrior’s class skills (and the key ability for each skill) are Climb (Str), Handle Animal (Cha), Intimidate (Cha), Jump (Str), Ride (Dex), and Swim (Str).

Считаем ранги, с учетом статов, Армор чек пенальти в -3 и фита на +2 к стелсу и мув сайлентли.
HA 2, Hide 2, Listen 1, MS 3, Spot 1, Survival 2. 11 всего.

Считаем скилпоинты. На первом уровне у персонажа 3*4 = 12 скилпоинтов.
Пусть сначала вложим по максимуму в то, что без штрафа. Это 2 ранга НА . Остается 10 скилпоинтов. Прочее - внекласовое, так что это суммарно 5 рангов. Итого - семь рангов на первом уровне.
За следующие уровни он качал только классовые скилы. 11-7=4 ранга.
Вывод: за каждый уровень животного получено два скилпоинта.

Должно быть 3 на 6 скилл поинтов

Математика, сэр...

я тебе привела прямую цитату из СРД, где говорится, что бонус с человека сохраняется.

Не-а.
Там говорится, что сохраняется, например, бонус халфлинга на +2 к акробатике.
Или эльфийские +2 к споту.

ну блин это в любом случае никак не объясняет вот это...
<<< я и говорю, было 1 и 2. добавилось по +2 за ловкость и по +3 за отсутствие АЦП. должно было стать 6 и 7. но стало 6 и 6
срд вроде как все эрраты учитыает, не нашли?

Ну, ты нашёл что-то, что даже эррата не учитывает. Отрапортуй.